菩提寺（ぼだいじ）とは、先祖を祀っているお墓があるお寺のことです。
つまり、普段からお墓でお世話になっているお寺と考えて、差し支えないでしょう。
普段の生活では菩提寺を気にすることはあまりないと思いますが、葬儀の際には、菩提寺のお坊さん（僧侶）に読経してもらったり、戒名を授けてもらうのが通例となっています。
また、葬儀を執り行うにあたっては、菩提寺側の都合や宗教・宗派も考慮する必要があるため、葬儀社は菩提寺とやりとりし、菩提寺の指示に従って葬儀の準備をします。
菩提寺がない場合には、葬儀場（葬儀会社）側で、お坊さんやお寺を紹介するのがほとんどです。